海淀区第二实验小学成立于1999年5月7日。它由原清河二小、清宁路小学合并而成，且先期合并了原朱房小学和安宁庄小学，办学基础较好。
目前有四个校区：本校校区、朱房校区、清宁校区、当代校区。
2010年橡树湾小区投资扩建本校校区，修建可容纳800人同时就餐的食堂，增建室内篮球馆，扩建图书馆，将一圈仅仅有150米的原操场废弃，修建了一个一圈400米的标准操场。这次扩建将海淀区第二实验小学建成海淀区硬件设备一流的小学。
学校以全面贯彻党的教育方针为宗旨，坚持"全面育人，教有特色，全面发展，学有特长"的办学思想，以科研为先导，深化教学改革，务本求实抓质量为学校教学工作之魂。　2000年12月，学校被海淀区教委授予海淀区"学校艺术教育先进集体"称号。在1999年9月的海淀区教育系统第七届"红烛怀"文艺汇演和2001年6月庆祝中国共产党成立80周年暨第八届"红烛怀"文艺汇演上，学校均荣获器乐合奏一等奖。2001年，学校被评为"全国创造教育先进集体"和"先进教科室"。学校小红帽管乐团已展露头角，特长生逐年增加，他们在科技、合唱、朗诵、演讲、舞蹈等各种比赛中榜上有名。
队伍精湛：海淀实验二小有一支精诚合作，率先垂范，年龄有层次，学历有高度，指导有水平，人人有佳绩的干部队伍。领导班子共8人，均具有本科学历，平均年龄37岁。 海淀实验二小还有一支业精品佳，团结进取，乐于奉献的教师队伍。其中市级骨干教师、市级先进教师、区级学科带头人、学区级带头人、主任教师占 25%。这支队伍中具有大专及以上学历的教师占80%以上。
海淀实验二小是育人的摇篮，小红帽管乐团已露锋角，特长生逐年增加，科技、合唱、朗诵、演讲、舞蹈、鼓号队等各项比赛均在全国、市、区级比赛中荣获一、二、三等奖。
在海淀区中青年教师教学擂台赛、区学科带头人评优课中，该校教师多次荣获一、二等奖，教师管乐团在海淀区教育系统"红烛杯"文艺汇演中两次荣获器乐演奏一等奖。学校先后被上级授予 "师德建设先进集体"称号"海淀区学校艺术 教育先进集体"称号、"先进职工之家"、"全国创造教育先进集体"和"先进教科室"。
海淀实验二小站在二十一世纪的起点上，已踏入校风优良，队伍优化，设备先进，质量优秀的轨道。 我们将努力奋进，以一流的育人环境，一流的教育设备,一流的师资队伍，一流的教育质量，以全新的面貌展现在世人面前。