郑州市第六十三中学是1996年5月经郑州市人民政府批准的郑州市重点建设项目之一，校址确定在管城回族区航海东路以北、郑南路以东、芦邢庄以西。经郑州市城市规划管理局审核批准，征用建设用地45000平方米（675亩）。其中学校建设用地40000平方米（60亩），公共道路用地5000平方米（75亩）。经郑州市计划委员核准为郑州市1996年全民基本建设（第七批）投资计划。总建筑面积为13000平方米，总投资1500万元人民币，建设年限为1996-1997年，计划24班规模。1996年主要建设内容为2400平方米教学楼一座。

1996年5月4日，郑州市第六十三中学教学楼奠基并开工建设。郑州市教育委员会派三位校级干部娄少武、冯书松、黄智武负责新校的筹建工作。建校初期，征用土地内仅有几间民房，做为筹建处的办公地点，而且绝大部分为沙丘、乱坟岗。最大难题是迁坟。筹建处先后数次在《郑州晚报》上刊登《迁坟启事》。但坟主来迁者不多。由于工期短任务重，迁坟事宜不能拖延，便对不能按时迁出的坟墓，雇人逐坟迁出，重新安葬。先后迁出无主坟墓800多座。运走沙石近20万立方。任务之大实属罕见。

1996年8月13日，郑州市机构编制委员会下发郑编〔1996〕51号文件《关于建立郑州市第六十三中学的批复》。文件称：经研究，同意建立郑州市第六十三中学。在校学生规模1200名，设24个教学班（其中初中18个班，高中6个班），核定事业编制91名，经费实行全额预算管理。隶属市教委领导。学校内设：办公室、教务处、总务处、政教处、团委。校领导职数3名（1正2副），中层领导职数5名。

1996年8月12日，中共郑州市教育委员会下发郑教组〔1996〕80号文件决定郑州市第六十三中学自1996年8月起实行校长负责制。同日还下发了郑教组〔1996〕82号、85号、86号文件决定冯书松任学校党支部副书记，马大林任校长（试用期一年），同意聘任牛天锡、郭建军为副校长（郭建军试用期一年）。郑州六十三中学校领导班子组成并开展工作。

1996年8月之后学校开始招收教职工。招收应届大学毕业生17人（其中本科4人，专科13人），年龄均在25岁以下。同时接收从外校调入人员，开学初全校教职工为24人。

1996年8月23日，教学楼建成，建筑面积2500平方米，主楼四层，东西两侧为三层、二层，标准教室16个，东西两侧各5个八角教室。8月24日，市领导及有关部门检查验收工程及开学准备情况。

1996年9月1日，郑州市第六十三中学正式开学，招收一年级两个班105人，并根据征地协议接纳原商都中学二年级一个班学生60人。

郑州市第六十三中学从1996年5月4日奠基开工到9月1日正式开学仅用了119天时间，建设过程中得到了管城回族区十八里河镇南五里堡村委会的大力支持。在一期、二期工程的建设中，市教委的机关工作人员利用节假日多次到建设工地进行义务劳动，加快了施工进度。

1996年——1998年正值郑州市大张旗鼓宣传“团结奋进，务实创新，加压负重，勇争一流”的郑州精神时期。各行各业，自加压力，强化目标管理，加强目标运行监测，年终进行检查考核。六十三中学是新建学校，而且是新建三所初中中条件最差的一所，学校领导班子带领全校教职工团结奋进，克服困难，发扬敬业爱岗、拼搏奉献的精神，每位教职工都是多重身份，既是教职工又是勤杂人员，努力做好各项工作。

开学初，学校仅有教学楼一座，学生厕所和三层民房一座。无操场、无实验室、无教学仪器及图书等基本设备，教学条件十分艰苦。但是学校领导班子带领全体教职工群策群力，想方设法，因陋就简，克服困难。没有挂图，老师自己画；没有仪器，到兄弟学校去借；没有实验室，就在课堂上做；没有操场，就平整一块土地代替。采用的教材均为全国九年义务制教育统编教材，人民教育出版社版本，保证开好开足初中所有课程。初一开设了语文、数学（代数、几何）、英语、思想政治、中国历史、世界地理、生物、物理、体育、音乐、美术、劳动技术，健康教育。尽管设备简陋，班级少，在校学生人数少，学校仍然加强了教育教学管理，强化学生行为规范的养成教育，加强对青年教师的培养和指导，使学校一开始就走上了正轨。

1997年5月，学校二期工程项目开工。学校的一切教育教学工作照常进行。二期工程项目有办公楼（主体四层，建筑面积271443平方米）、逸夫科技楼（主体四层，建筑面积19925平方米）、图书综合楼（主体二层，上层为阶梯教室建筑面积72357平方米）、体音美综合楼（主体四层，建筑面积86117平方米）、生活用房（一层，建筑面积19619平方米）、临街房（二层，建筑面积960平方米）、配电房（建筑面积528平方米）、大门（高62米，长28米，电动不锈钢推拉门，带传达室、收发室）等1998年8月交付使用至此学校主体工程已全部完成（1999年4月，300米跑道运动场建成并投入使用）总建筑面积为11万平方米总投资约为1600万元人民币。在学校二期工程开工的同时，郑州市教育委员会在学校征地的西北角建设航海教工住宅区。占地168亩，建有一号住宅楼和二号住宅楼，其中一号楼东面三个门洞为六十三中教工住宅楼，共计42套，总建筑面积为37954平方米分为ABC三种户型，A型14套，每套建筑面积为1096平方米;B型14套，8716-8739平方米;C型14套，每套建筑面积7642-7666平方米1998年6月22日制订分配方案，1999年元月28日交付使用。建校以来，在郑州市教育局的大力支持下，学校发生了巨大的变化：教学规模不断扩大，教育教学质量不断提高，社会声誉不断提升。学校规模由1996年8月三个教学班学生165人，教工29人。发展到2004年22个教学班，学生1380人，教工84人。根据郑编办200442号文件精神，学校教职工编制为94人，2009年郑编200945号文件核定学校事业编制为96名，郑编办2014161号文件核定学校事业编制113名，2011年7月23日根据郑教复201116号文件精神，学校办学规模扩大至48个普通初中教学班。


截止2019年8月26日，郑州市第六十三中学有24个教学班，学生1100多人，教职工111人。2020年1月13日，根据郑编【2020】5号文件精神，学校划转移交管城回族区政府管理。截止2021年10月1日，郑州市第六十三中学有24个教学班，学生1116人，教职工108人。