浙江省嵊泗中学的前身为“嵊泗初级中学”，1953年创办于原泗礁第一中心小学内（“羊府宫”旧址），首任校长由文教科长何秋阳兼任。学校规模极小，只有一个班级，55名学生，3名教师。1954年底，菜园长弄堂新校舍建成，仅有6间平房教室，几间办公室及毛竹搭建的草棚饭厅，徐文达任校长，王槐庭任教导主任。1958年被命名为“舟山第四中学”，开始招收高中学生（共21名），成为嵊泗第一所完全中学。1960年12月，嵊泗划归上海，学校更名为“上海市嵊泗中学”。

1961年嵊泗又重划归浙江，学校更名为“浙江省嵊泗中学”。 1981年，学校被省教育厅确定为“省重点中学”。1995年，投资1000余万的嵊泗中学新教学大楼在原址落成使用。1998年被省教育厅确认为“省三级重点中学”。2001年被评为省现代教育技术实验学校。2004年2月被确认为浙江省二级重点中学。
 

学校2003年9月迁入菜园镇东海路50号的新校址，投资7800万元，按省一级重点中学标准建造，占地面积61192平方米,建筑面积27180平方米，绿化面积20121平方米，校园依山傍水，环境优美，设计新颖，布局合理，建在水库之上，现代化气息浓郁。学校现有高中教学班24个，在校生1132名。目前学校的设施尤其在教育信息化、办公条件、体育设施等方面的硬件配置已处于舟山市领先地位。
 

学校重视师资队伍建设，现有高中专任教师89人，全部具有本科以上学历，其中研究生课程进修结业者为42人，占全体专任教师的472% ，学历水平名列舟山市前茅。他们中有全国优秀教师，省劳动模范，省教坛新秀，市级学科带头人等，“名师工程”和“青蓝工程”建设卓有成效，多名青年教师成为市级教学业务尖子。