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  1997年学校通过了原国家教委本科教学合格评估。通过课程体系、教学内容、教学方法和教学手段改革，教学质量明显提高，近几年，大学英语、计算机统考过级率列全省同类院校前列，音乐舞蹈学院在国际和国内大赛中多次获大奖，数学与计算机科学学院、物理科学与信息工程学院的学生在全国各类比赛中多次获奖。先后有近20项课题被列为省级教改课程，有1项教学成果获国家二等奖、15项教学成果获省级优秀教学成果奖。    学校始终以为国家培养合格人才作为根本任务。 。

      办学47年来，学校为国家培养各类毕业生四万余人，为湖南及四省市边区经济建设和社会发展作出了较大贡献。2001年4月和2003年5月，中共中央政治局常委、国务院总理朱?基同志和中共中央政治局常委、国家副主席曾庆红同志分别视察了吉首大学，称赞“吉首大学是湖南的骄傲”，肯定学校具有“特殊价值”。学校先后被授予“全国民族教育先进集体”、“湖南省园林式单位”、“湖南省文明高校”、“湖南省优秀事业法人单位”、“湖南省文明单位”、“全国精神文明建设先进单位”等荣誉称号。 。

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  学校先后被评为“湖南省国家社科基金项目管理创新单位”和“湖南省社会科学规划管理先进单位”。出版专著120多部，教材、教学用书40多部。1988年以来承担国家社科基金、国家自科基金等国家级课43项，承担省级以上课题400项，其他项目180多项。由学校研制开发的猕猴桃“果王素”被国家科技部等五部委联合授予“科技新产品”称号。    学校科学研究硕果累累。《吉首大学学报》自科版已进入“美国BIOIS”中心，社科版连续两次获“全国百强社科学报”称号并入选“中国人文社科核心期刊”。 。

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