自动化系下设生产过程自动化技术和机械制造与自动化技术两个专业，化工仪表、化工机械、计算机技术三个教研室。

机械制造与自动化专业初建于2004年，生产过程自动化技术专业初建于2005年，其中生产过程自动化技术专业是中央财政支持建设专业。由于培养目标符合企业需求、课程体系设置合理、实训设施完善、师资力量雄厚，该两个专业的毕业生市场需求旺盛、就业前景良好。已经毕业的学生通过各种渠道全部获得相应的工作岗位，很多品学兼优的学生就业于如中国石油集团公司、中国石化集团公司、中国海洋石油总公司、烟台万华集团、莱芜钢铁集团等国际国内著名的企业以及具有良好发展前景、经济效益持续增高的地方企业。

自动化系师资力量雄厚，有专任教师20人，其中高级职称9人，中级职称9人。专业教师具有丰富的教学经验、先进的教学手段，建设有《C语言程序设计》、《机械制图》、《数据库》等院级精品课程，建设《计算机文化基础》、《C语言程序设计》等课程的网络教学平台，化工仪表教研室正在申报省级教学团队。专任教师不仅承担着三个领域的教学任务，还积极参加齐鲁石化公司的生产、科研和培训任务，近年来在省部级以上刊物发表论文20余篇。自动化系教师队伍是一个团结、有凝聚力、有战斗力的团队，在学院的各项活动中皆都取得优异成绩。

自动化系深入贯彻学院的办学思想，紧紧围绕学院办学理念，坚定执行学院办学方略，在学生培养中“两不怕”的优良品质，坚持“健康、做人、知识”的理念，使学生在三年的学习过程中有一个健康的身体，培养正确的价值观念，学会与人相处，学会独立生活，学会扎实的知识与技能。自动化系良好的系风在一届届学生中薪火相传，使学生迅速成长。